Marine Growth Protection System (MGPS) merupakan permesinan anti fouling yang digunakan untuk mencegah pertumbuhan biota laut dan karat yang berlebih pada sistem pendingin air laut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui faktor turunnya kinerja MGPS, dampak dari faktor, dan upaya yang dilakukan untuk mengoptimalkan kinerja MGPS. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah kualitatif, dengan menggunakan teknik analisa data Fishbone dan SHEL. Fishbone digunakan untuk menganalisis kemungkinan faktor masalah dan kemudian menganalisis dan mengkategorikan prioritas masa`lah menggunakan teknik SHEL. Hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa turunnya kinerja MGPS disebabkan oleh kurang tepatnya pengaturan tegangan, penggunaan anoda yang melebihi batas umur, kondisi atau unsur air laut, dan kurangnya pengetahuan seorang engineer. Hal tersebut berdampak pada turunnya kinerja MGPS pada sistem pendinginan di kapal. Untuk mengatasi faktor-faktor tersebut dapat dilakukan dengan pengoperasian dan perawatan permesinan MGPS yang harus berdasarkan pada manual book, mengganti anoda yang sudah melebihi batas umur, serta memberikan training kepada engineer tentang permesinan MGPS.